Denizcilik Genel Müdürlüğünün görev ve yetkileri şunlardır:
a) Deniz ve içsular ulaştırması faaliyetlerinin ticari, ekonomik, sosyal ihtiyaçlara ve teknik gelişmelere bağlı olarak ekonomik, seri, elverişli, güvenli, kaliteli, çevreye olumsuz etkilerini önleyecek ve kamu yararını gözetecek tarzda serbest, adil ve sürdürülebilir bir rekabet ortamında yapılmasını ve bu faaliyetlerin diğer ulaştırma türleriyle birlikte ve birbirlerini tamamlayıcı olarak hizmet vermesini sağlamak,
b) Deniz ve içsular ulaştırması alanında hizmet üretenler ile hizmetten yararlananların hak, yükümlülük ve sorumluluklarını belirlemek,
c) Deniz ve içsular ulaştırması alanında gemi işletmecisi, organizatör, acente, komisyoncu ve benzeri faaliyette bulunanların hizmet esasları, mali yeterlik ve mesleki saygınlık şartlarını belirlemek, bunları yetkilendirmek ve denetlemek; bu işlerde çalışanların ve gemi adamlarının mesleki yeterlik şartlarını belirlemek, bununla ilgili eğitim vermek veya verdirmek, sınav yapmak veya yaptırmak ve bunları yetkilendirmek ve denetlemek,
ç) Gemi adamlarının sicilinin tutulmasına ilişkin usul ve esasları belirlemek ve bunların sicilini tutmak,
d) Her cins gemi, deniz ve içsu aracının; sicilinin ve/veya kaydının tutulmasına ilişkin usul ve esasları belirlemek, bunların tescilini ve/veya kaydını yapmak; alımı, satımı ve kiralanmasıyla ilgili usul ve esasları belirlemek,
e) Faaliyet amacı her ne olursa olsun her cins gemi, deniz ve içsu araçlarının; cins, kapasite, sahiplik, yaş ve benzeri yönden asgari nitelikleri ile bunların dönemsel teknik muayeneleri, denize ve yola elverişlilik izinlerine ilişkin usul ve esasları, kullanımı için asgari emniyet sınır ve şartlarını belirlemek, bunları denetlemek, belgelendirmek veya denetlenmesini ve belgelendirilmesini sağlamak, belgeleri vereceklerin asgari niteliklerini belirlemek ve bunları yetkilendirmek ve denetlemek,
f) Gemilerin ve diğer deniz araçlarının ulusal ve uluslararası sularda kendi aralarında veya kara tesisleriyle yaptıkları tehlike sinyalleri dahil her türlü haberleşmelerin ve bildirim hizmetlerinin yapılabilmesini temin için gerekli teknik altyapıyı kurmak, kurdurmak, işletmek, işlettirmek, bildirim hizmetlerini yapmak veya yaptırmak, denetimlerini yapmak ve bu hizmete ilişkin usul ve esasları belirlemek,
g) Türkiye'nin deniz yetki alanlarında, su yollarında ve içsularda faaliyet gösteren liman, iskele, dolfen, şamandıra ve benzeri kıyı yapılarına yanaşacak ve ayrılacak gemiler ile Türk Boğazlarını kullanacak gemilere verilecek kılavuzluk ve römorkörcülük hizmetlerine ilişkin usul ve esasları belirlemek, bu hizmetleri vermek veya verebilecekleri yetkilendirmek ve denetlemek,
ğ) Türkiye'nin deniz yetki alanlarında, Türk Boğazları bölgesinde, su yollarında ve içsularda meydana gelen ve her cins gemi, deniz ve içsu araçlarının karıştığı kazalarla ilgili tahlisiye, kurtarma, yardım ve acil durum müdahalesi faaliyetlerine ilişkin usul ve esasları belirlemek, bu hizmetleri vermek veya verebilecekleri yetkilendirmek ve denetlemek,
h) Gemi, deniz ve içsu araçlarından kaynaklı deniz ve hava kirliliğini önleyecek tedbirler ile kıyı tesislerinden kaynaklı deniz kirliliğini önleyecek tedbirleri almak, bu amaçla gerekli izleme ve denetimleri yapmak; acil müdahaleye hazırlıklı olma ve hazırlıklı olunmasını sağlamaya ilişkin usul ve esasları belirlemek, acil müdahale hizmeti vermek, verecekleri yetkilendirmek ve bunları denetlemek, depolama istasyonlarını işletmek, işlettirmek, Ulusal Deniz Emniyeti Başkanlığı ile depolama istasyonlarının çalışma usul ve esaslarını belirlemek,
ı) Her türlü amatör denizcilik faaliyetine ilişkin usul ve esasları belirlemek, bu faaliyetleri yapacakları yetkilendirmek ve denetlemek,
i) Deniz ve içsular ulaşımını geliştirmek ve serbest, adil, sürdürülebilir bir rekabet ortamı sağlamak amacıyla sınırlı olmak üzere; liman, iskele ve kıyı yapılarının kullanım ücretleri ile taşımacılık faaliyetlerine ilişkin gerektiğinde taban ve tavan ücret tespit etmek ve uygulamasını denetlemek,
j) Liman başkanlıkları idari yetki alanlarım belirlemek, bu alanlar içerisinde faaliyette bulunan kamu kurum ve kuruluşları ile gerçek ve tüzel kişilerin yerine getireceği denizcilik faaliyetlerine ilişkin izinleri vermek, koordine etmek, denetletmek ve izinsiz faaliyetleri durdurmak,
k) Türk Bayraklı gemilerde ve Liman başkanlıklarının idari yetki alanında yer alan liman tesislerinde Uluslararası Gemi ve Liman Tesisi Güvenlik Kodunun uygulanmasına ilişkin usul ve esasları belirlemek, uygulayıcıları yetkilendirmek, denetlemek ve bu kodun uygulayıcıları arasında koordinasyon ve işbirliğini de içeren uygulama sistemini yürütmek,
l) Tarifeli deniz taşımacılığının usul ve esaslarını belirlemek, tarifeli deniz taşımacılığı yapanları yetkilendirmek ve denetlemek,
m) Deniz taşımacılığı ve ticaretini olumsuz etkileyen korsanlık, deniz haydutluğu ve benzeri her türlü suç ve faaliyetlerin önlenmesine yönelik çalışmalar yapmak, tedbir almak, böyle bir olayın gerçekleşmesi halinde ilgili kuruluşları koordine etmek ve gerekli desteği sağlamak,
n) Gemi kiralamalarında Türk Bayrağı ve yabancı bayrak çekilmesine ilişkin talepleri değerlendirmek ve ilgili mevzuatı uyarınca izin vermek,
o) Türk deniz ticaret filosunun gelişmesi, yenilenmesi, pazar payının büyümesi ve milletlerarası rekabet gücünün artırılması için politika, strateji ve hedef belirleyerek gerekli tedbirleri almak, dünyadaki deniz taşımacılığı ile ticaret filosu istatistiklerini takip etmek, gelişme eğilimlerini izleyerek raporlamak, bu çerçevede Türk deniz ticaret filosu için kısa, orta ve uzun vadeli plan hazırlamak ve uygulamak, ülkemizdeki deniz ve içsu taşımacılığı ile deniz ticaret filosu ve Türk Boğazlarındaki deniz trafiğine ilişkin istatistikleri tutmak ve yayımlamak,
ö) Deniz sigortacılığının gelişmesine ve etkin bir şekilde işlemesine yönelik tedbir almak, ilgili kurum ve kuruluşlarla gerekli koordinasyonu sağlamak,
p) Her cins gemi, deniz ve içsu aracına ilgili mevzuatında tanınan muafiyet ve istisnaların uygulanmasına ve kontrolüne yönelik iş ve işlemleri yapmak,
r) Ulusal ve yabancı klas kuruluşlarıyla işbirliği yapmak, gerektiğinde bunları yetkilendirmek ve denetlemek,
s) Deniz ve içsular ulaştırma hizmetleri ile deniz hukuku ve deniz ticaretinin gerektirdiği uluslararası ilişkileri yürütmek, anlaşma ve karma komisyon çalışmaları yapmak,
ş) Bu maddede belirtilen denizcilik faaliyetlerinin uluslararası kural ve standartlarda düzenlenmesini, sürdürülebilirliğini ve gelişmesini sağlayacak esasları tespit etmek, üyesi olduğumuz uluslararası kuruluşlarca kabul görmüş kural ve standartların güncel olarak uygulanması için gerekli düzenlemeleri yapmak ve uygulanmasını sağlamak,
t) Denizyoluyla yapılan tehlikeli yük dahil her türlü yük taşımacılığı faaliyetinin uluslararası sözleşmeler, standartlar ve mevzuata uygun olarak emniyetli ve güvenli bir şekilde yapılmasını temin etmek ve yükleme emniyetini sağlamak için gerekli usul ve esasları belirlemek, kıyı tesisleri dahil bu alanda faaliyet gösteren kişi, kurum ve kuruluşları yetkilendirmek ve denetlemek, deniz ticaretinin gerektirdiği gözetim hizmetlerine ilişkin usul ve esasları belirlemek,
u) Denizyolu yük taşımacılığının kombine taşımacılıktaki payının artırılmasına yönelik tedbirler almak,
ü) Denizcilik ve bağlı sektörlere yönelik finans kaynaklarının çeşitlendirilmesine ilişkin ulusal ve uluslararası çapta faaliyet gösteren finansal kurum, kuruluş, fon ve enstitüler ile işbirliği yapmak,
v) Bakan tarafından verilen diğer görevleri yapmak.